Bizarain Ikastola cuenta con los siguientes órganos de gobierno:

Consejo escolar

1.     El director o la directora.
2.     El jefe o la jefa de estudios
3.     Representantes del profesorado
4.     Representantes de los padres y madres de los escolares.
5.     Un representante del personal no docente
6.     Un representante del Ayuntamiento
7.     El secretatrio o secretaria.

 Para el cumplimiento de estas funciones y desarrollar determinados trabajos, se han creado distintas comisiones:

1.     Comisión Permanente.
2.     Comisión económica.
3.     Comisión de comedor.
4.     Comisión de actividades extraescolares.
5.     Comisión de convivencia.
6.     Comisión de Goiz txoko.
7.     Comisión Agenda 30.
8.     Comisión transporte.
9.     Comisión de euskara.

Está compuesto por todo el profesorado que trabaja en la Ikastola y lo preside el director o la directora.

Está compuesto por los siguientes miembros:

1.     El director o la directora.
2.     El Jefe o la jefa de estudios.
3.     El secretario o la secretaria.